Ortodoksisen kirkollishallituksen puheenjohtajana toimii Karjalan ja koko Suomen arkkipiispa Leo. Sen muita jäseniä ovat hiippakuntien piispat sekä neljä kirkollishallituksen valitsemaa asiantuntijajäsentä. Kirkollishallitus johtaa ja hoitaa kirkon yleistä hallintoa, taloutta ja toimintaa kirkolliskokouksen päätösten mukaisesti.