С началом полномасштабной агрессии России против Украины в 2022 году пять литовских священников открыто выразили несогласия с поддержкой войны патриархом Московским и всея Руси Кириллом, за что были запрещены в священнослужении.
Несогласные священники апеллировали к суду Вселенского патриарха Константинополя, имеющего право рассматривать спорные решения, вынесенные церковным судом поместных православных церквей. В феврале 2023 года Его Всесвятейшество Варфоломей, Архиепископ Константинополя – Нового Рима и Вселенский патриарх снял с литовских священников все обвинения и восстановил в сущем сане.
В марте 2023 года Его Всесвятейшество Вселенский патриарх посетил с визитом Литву, где подписал с правительством страны договор о восстановлении канонических структур Вселенского патриархата в Литве, а в январе 2024 года была совершена первая Божественная литургия в Вильнюсе, ознаменовавшая символический момент основания Литовского экзархата.
Литовский экзархат Вселенского патриархата осуществляет духовное окормления прихожан, говорящих на литовском, украинском, русском и белорусском языках. В составе экзархата – десять приходов, прихожанами которых являются как правило бывшие чада Московского патриархата, несогласные с военной агрессией России против Украины и её поддержкой Русской Православной церковью. По договорённости богослужения ведутся в помещениях Католической церкви в Литве. Ведётся реставрация собственных помещений.
Духовенство Литовского экзархата Вселенского патриархата несёт служение в мультиязычной среде, в том числе среди многочисленных беженцев из Украины, духовно окормляемым в т.ч. на родном языке.
Союз православного духовенства последовательно оказывает поддержку Литовскому экзархату Константинопольского патриархата и укрепляет связи с православными Литвы. Духовенство Литовского экзархата уже принимало участие в ежегодных Дня православного духовенства в Финляндии. Теперь же Союзом православного духовенства принято решение о посещении в сентябре 2026 года в рамках осенних Дней православного духовенства группой клириков Литвы с целью знакомства с буднями братской церкви. В программе визита в т.ч. встречи и совместная молитва с литовским православным духовенством, посещение кафедрального католического Собора святого Станислава и Посольства Финляндии в Вильнюсе.